In Herdecke existieren insgesamt sieben Kirchengemeinden. Darunter finden sind katholische und evangelische Gemeinden, aber auch eine evangelisch-freikirchliche und eine neuapostolische Kirchengemeinde. Die Kirchen verteilen sich über das gesamte Stadtgebiet und haben oft historischen Charakter.

• Christengemeinschaft Herdecke
• Ev. Kirchengemeinde Ende
• Ev. Kirchengemeinde Herdecke
• Kath. Kirchengemeinde St. Philippus und Jakobus
• Kath. Kirchengemeinde St. Urban Ende-Syburg
• Neuapostolische Kirchengemeinde Ennepe-Ruhr

Mitten im Herdecker Ortsteil Kirchende, hinter einer Häuserzeile gelegen und abgeschirmt gegen den Durchgangsverkehr, steht die Ender Dorfkirche. Erste Spuren einer christlichen Gemeinde und der Dorfkirche in Ende können bis ins 13. Jahrhundert zurückverfolgt werden. 

Am 12. Oktober 1864 wurde die neu erbaute katholische Pfarrkirche St. Philippus und Jakobus in Herdecke feierlich eingeweiht. Zwei Jahre hatte der Bau gedauert, doch mehr als 20 Jahre brauchte man von der Genehmigung des Kirchenbaus bis zur Ausführung. 

Die evangelische Stiftskirche in Herdecke zählt zu den bedeutendsten Baudenkmalen der Stadt. Der Stiftslegende nach wurde es von Frederuna, einer angeblichen Verwandten Karls des Großen, als freiweltliches adeliges Damenstift gegründet.